Folgende Möglichkeiten sind vorhanden:

Kommagetrennt aufsplitten im Zahlungseingang (möglich bei Auftragsbestätigungen, Rechnungen und Gutschriften; empfiehlt sich nur bei wenigen Buchungen, ca. <5)
Im Überweisungstool anhaken: "in Einzelüberweisungen auflösen" → Dann macht die Bank Einzeltransaktionen aus der Sammelüberweisung (Das ist immer eine Einstellung bei der Überweisung selbst, meist im Bankingtool vorhanden oder in der XML-Überweisungssoftware)